Cốt truyện của "Chúa Tàu Kim Quy" được xây dựng chặt chẽ, hợp lý, có nhiều tình tiết bất ngờ, gây cấn, hồi hộp. Câu chuyện xoay quanh những xung đột, mâu thuẫn trong cuộc sống của các nhân vật, đặc biệt là xung đột giữa thiện và ác, giữa chính nghĩa và phi nghĩa.
